新疆富蕴可可托海国家地质公园已建立起健全的管理机构和规章制度，使园区内绝大部分珍贵、典型的地质遗迹及其生态地质环境得到了有效的保护。为了确保地质公园资源环境的有效保护、合理利用，公园有关管理机构制定了一系列的规划，为公园的可持续发展提供了政策支撑。其中包括了对监测监控系统的完善、信息系统的建设、现有旅游设施的改造、专业人才的培养、管理与导游人员的培训等等。

新疆富蕴可可托海国家地质公园自2005年批准建立以来，将地质遗迹保护和开发紧密结合，把地质公园建立同地方经济社会发展特别是解决当地居民就业紧密结合，强调地质公园开发利用、地质研究和地学科普紧密结合，以开发促进保护，加快了地质公园建设。

为了消除早期旅游开发的一些建设项目对地质遗迹和环境的不良影响，自2010年起，地质公园管委会开展了可可托海镇一带的环境整治工作。2011年，对3号矿脉脉采矿废渣石堆及其影响区进行综合整治，治理边界东侧以城镇公路为界，南侧以现有林地铁丝围栏为界，西侧以废弃砂厂旁的防护堤为界，北侧以库依尔特斯河南岸为界，治理区总面积约136830平方米；建设了塔亚特牧民新村、水磨沟接待服务中心、景区道路沿线十几处卫生间及服务管理处；在公园水磨沟和可可苏里分别建立了2个管护站，新建木栈道900米以上，兴建科普人文教育活动的广场、观景台等设施，公园内修建公路35千米，开通环保观光车40辆、中型巴士旅游车2辆。

公园管委会还制定了地质遗迹保护应急预案，以便及时处理破坏地质遗迹及地质景观的事件。预案规定应急处理工作由地质公园地质遗迹保护应急指挥部统一指挥，总指挥由地质公园管委会主任担任，应急工作由管委会下属的各部门指定的人员协同完成，并成立了应急工作梯队。