可可托海世界地质公园北东与蒙古国相距10余千米，西南距富蕴县城区15千米，东南距青河县城区30千米，西北距阿勒泰地区首府阿勒泰市150千米，南距乌鲁木齐约580千米。目前，已初步形成由公路、铁路、机场组成的立体交通网络。公路有S11（五大高速）、G216国道、S320省道、S226省道、S228省道、G331国道（在建）等；铁路有阿富准铁路；周边机场有富蕴可可托海机场、阿勒泰雪都机场等。