可可托海世界地质公园的管理机构为“新疆富蕴可可托海国家地质公园管理委员会”，为法定常设机构。管委会内设7个管理部门，分别为：综合办公室、政工人事处、财务统计局、规划建设局、开发局、景区景点管理局、矿山地质公园管理局。管委会下设2个建设开发公司，负责公园旅游运营工作，分别为：新疆远方旅游有限公司、新疆可可托海北疆明珠旅游发展有限公司。管委会每年定期召开工作会议，研究解决地质公园重大事项。
新疆富蕴可可托海国家地质公园管理委员会的主要功能为：
1）负责管理委员会的日常文件、资料管理，行政事务。
2）负责地质公园规划实施管理、项目规划设计、工程建设管理、基础设施维护等。
3）负责地质遗迹、景点景物、自然生态环境的保护和环境卫生综合治理。
4）负责宣传促销和实施旅游发展规划。
5）负责地质公园内旅游服务行业的管理与指导。
6）负责地质公园的经费预算及财务决算，机关财务管理，工程项目费用管理，审核监督所属单位财务、票务管理。
