额尔齐斯河是新疆第二大河，发源于阿尔泰山西南坡的可可托海上游，喀依尔特河、库伊尔特河两条河流经公园于伊雷木湖汇合后成为额尔齐斯河，自东南向西北奔流出中国，最终注入北冰洋，是我国唯一流入北冰洋的河流。在该河流沿线形成了大量河流湿地、湖泊湿地、沼泽湿地，其中伊雷木湖、可可苏里是公园湿地中最为耀眼的明珠，孕育了大量珍稀动植物。包括野生植物118种，野生动物143种。是鸟类、鱼类、两栖类动物栖息和繁殖的天堂，是中东、中亚等地候鸟南飞迁徙进入中国的第一站、中转站及必经通道，是国家重要的生态资本和种质基因库，是我国西北地区乃至世界的重要水源地及生态敏感区。