公园939种被子植物中有双子叶植物782种，包含中国新记录1种，新变种5种，阿尔泰山特有种20种。阿尔泰山特有种分别为：阿尔泰铁角蕨、绿叶柳、绢柳、光叶柳、绢毛高翠雀花、青河毛莨、白花新疆芍药（新变种）、粗果庭荠、福海葶苈、白花宽叶柳兰（新变种）、阿尔泰鹿蹄草、天山细枝鹤虱、阿尔泰鹤虱、小花脓疮草、青河糙苏、无长毛山地糙苏、展毛黄芩、新疆飞蓬、芒颖鹅观草、毛穗新麦。